Dear all,<br>
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genbox has a -vdwd option which specifies &quot;default vdwaals distance&quot;.
The documentation isn't too clear about this; does it override what
genbox usually uses? Or is it only used for molecules which have no vdW
parameters or some such? <br>
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For anyone who cares: I'm trying to keep water somewhat further away
from the protein when solvating than is typical, and I'm trying to
figure out whether using -vdwd is a way to do this, or whether I'll
have to make a script to delete all of the waters within my desired
cutoff distance from the protein.<br>
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Thanks,<br>
David<br>
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