David,<br>
<br>
Thanks a lot. That helps a whole lot. <br>
<br>
(For the list: The reason I needed to do this is that I was getting
waters stuck into my protein when solvating; it would take them forever
(well, a very long time) to escape, and I needed a way to make sure
this wouldn't happen.).<br>
<br>
David<br><br><div><span class="gmail_quote">On 1/9/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
David Mobley wrote:<br>&gt; Dear all,<br>&gt;<br>&gt; genbox has a -vdwd option which specifies &quot;default vdwaals distance&quot;.<br>&gt; The documentation isn't too clear about this; does it override what<br>&gt; genbox usually uses? Or is it only used for molecules which have no vdW
<br>&gt; parameters or some such?<br>Second.<br><br>&gt;<br>&gt; For anyone who cares: I'm trying to keep water somewhat further away<br>&gt; from the protein when solvating than is typical, and I'm trying to<br>&gt; figure out whether using -vdwd is a way to do this, or whether I'll have
<br>&gt; to make a script to delete all of the waters within my desired cutoff<br>&gt; distance from the protein.<br>You want to copy the vdwradii.dat file to your working directory and<br>edit that.<br>&gt;<br>&gt; Thanks,
<br>&gt; David<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote></div><br>