<br><br><div><span class="gmail_quote">On 1/9/06, <b class="gmail_sendername">Joanne Hanna</b> &lt;<a href="mailto:J.F.Hanna@warwick.ac.uk">J.F.Hanna@warwick.ac.uk</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi<br><br>Yes that might be the source of my problem I have not checked this.<br>Thanks for the suggestion.<br>When you use autodock do you use the kollman charges and gasteiger<br>charges for ligands?</blockquote><div><br>

Yes, I do. MG&nbsp;</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Thanks<br>Jo<br><br>Joanne Hanna<br>Department of Chemistry<br>University of Warwick
<br>Coventry<br>CV4 7AL<br><br><a href="mailto:J.F.Hanna@warwick.ac.uk">J.F.Hanna@warwick.ac.uk</a><br>&gt;&gt;&gt; <a href="mailto:magiofer@gmail.com">magiofer@gmail.com</a> 01/09/06 10:26 AM &gt;&gt;&gt;<br>Hi Jo,<br>well, I used to employ both GROMACS and AutoDock on my systems, but
<br>usually<br>the only format incompatibility I can think of is about residue naming,<br>for<br>instance I used HISA and HISB, LYSH and CYSH protonation, they should be<br>renamed (without changing protonation of course) to HIS, LYS and CYS.
<br>Besides, if you have aromatic carbons in your ligand, you should change<br>their atom types from C to A, using the AutoDock function in the Ligand<br>menu.<br>That's all I think.<br>I hope it helps.<br>MG<br><br>On 1/9/06, David van der Spoel &lt;
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt; Joanne Hanna wrote:<br>&gt; &gt; Hi<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I was wondering whether anyone on the list has experience using<br>gromacs
<br>&gt; &gt; output (with polar Hs) in autodock, as I am struggling with some<br>kind of<br>&gt; &gt; seemingly random file format incompatibility.<br>&gt; &gt; I was also wondering whether when using autodock people use the
<br>kollman<br>&gt; &gt; charges or the gmx ff charges for their macromolecule and for<br>ligands<br>&gt; &gt; the charges they have derived for their own topologies or the<br>gasteiger<br>&gt; &gt; charges.<br>&gt; &gt; I thought it was possibly best to be self consistent and use the
<br>same<br>&gt; &gt; charges that I have used for docking as I have and will in MD<br>&gt; &gt; simulations.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Sorry its a bit of a waffley question.<br>&gt;<br>&gt; You should probably use charges that Autodock usually uses, since it
<br>&gt; also has its own LJ parameters.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hope someone can help<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Jo<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list
<br>&gt; &gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; David.<br>&gt;<br>________________________________________________________________________
<br>&gt; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>&gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br>&gt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br><a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>&gt;<br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt;<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br></blockquote></div><br>