Hello all,<br>
<br>
I want to perform energy minimization and not MD. <br>
A&nbsp; .pdb&nbsp; file is with me and using programme &quot;protonate&quot;&nbsp; the hydrogens has been added to it.<br>
Now I want to perform energy minimization on this file.<br>
When I tried pdb2gmx to form topology file , the programme asked to ignore hydrogens using&nbsp; -ignh .<br>
<br>
Will it ignore all the added hydrogens ?<br>
<br>
If I want to generate .top file incluging added hydrogens, is it possible in any way ?<br>
<br>
-- Dhananjay<br>