Dear Gromacs users:<br>
<br>
I am having a rather strange problem in one of my simulation. The
system consists of 2000 water molecules embedded between two walls. The
wall atoms are position restrainted (force constant: 5000). <br>
<br>
The system is first equiliburated under NVT (Berendsen thermostat,
tau_t = 0.1ps, Tsystem = 300K) for a while. Then I coupled the wall
atoms to 300K (tau_t = 0.1 ps), and water to 300K (tau_t = 3000 ps). I
found that during a 100ps simulation, the temperature of water rise
continuously to 400K! (the wall atoms are OK though). I tried to
disable water temperature coupling by set tau_t = 0 for water, but it
does not help. <br>
<br>
I tried NVE simulation from the same initial configuration, and it
appears that the temperature of water during the first 50 ps is about
300K. So we can rule out the possibility of bad local contact in the
system. Then what could possibly goes wrong with the system?<br>
<br>
I&nbsp; am using PME (4th order), vdw-type = Shift, rvdw-switch&nbsp; = 0, rvdw = 1.1, rlist = 1.2. Time step is 1fs. <br>
<br>
Any help would be greatly appreciated.<br>
<br>
Nick Fan<br>
<br>