Hi users!<br>
I'm trying and obtain the hydrogen bonds of a protein to a ligand or <span style="font-style: italic;">vice versa.</span>
I get the number of hbonds forming during the course of the trajectory
(hbnum.xvg), the name of the donors and acceptors, but my hbond.log
file is always empty and so it is also the [hbonds_protein-ligand]
section of the hbond.ndx file. My command line was:<br>
<br>
g_hbond -f traj.trr -s topol.tpr -g -num -dist -ang -hbn<br>
<br>
is anything missing?<br>
thanks for any help,<br>
yours,<br>
MG