*** Warning: This system can not link to static lib archive /usr/local/lib/libfftw3.la.<br>
*** I have the capability to make that library automatically link in when<br>
*** you link to this library.&nbsp; But I can only do this if you have a<br>
*** shared version of the library, which you do not appear to have.<br>
<br>
<br>
I hope this is the real error.<br>
<br>
Now please tell me what is wrong ? <br><br><div><span class="gmail_quote">On 1/19/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dhananjay wrote:<br>&gt; Well, I have Gromacs-3.3&nbsp;&nbsp;with single precision.<br>&gt;<br>&gt; lam-7.0.6
 is alrady installed and fftw-3.0.1 with double precision is<br>&gt; also installed.<br>&gt; befire excuting following steps I have gone through following steps:<br>&gt;<br>&gt; export CPPFLAGS=-I/usr/local/includ<br>&gt; export LDFLAGS=-L/usr/local/lib
<br>&gt;<br>&gt; then for Gromacs-3.3 with double precission I took following steps:<br>&gt;<br>&gt; 1.&nbsp;&nbsp;make distclean<br>&gt; 2. ./configure --disable-float&nbsp;&nbsp;--enable-shared<br>&gt; 3. make<br>&gt;<br>&gt; make has generated following error:
<br>&gt;<br>&gt; collect2: ld returned 1 exit status<br>&gt; make[3]: *** [grompp] Error 1<br>&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src/kernel'<br>&gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1
<br>&gt; make[2]: Leaving directory<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>&gt; make[1]: *** [all] Error 2<br>&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-
3.3/src'<br>&gt; make: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; What is wrong here ?<br>You still don't print the real error.<br><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 1/19/06, *David van der Spoel* &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dhananjay wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hello all,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I got error in installation of gromacs in double precision. The
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; error is<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; as follows:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; collect2: ld returned 1 exit status<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[3]: *** [grompp] Error 1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[3]: Leaving directory<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src/kernel'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[2]: *** [all-recursive] Error 1<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[2]: Leaving directory<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs- 
3.3/src'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[1]: *** [all] Error 2<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; `/usr/data/dhananjay/Dhananjay_installation/Gromacs/gromacs-3.3/src'<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; make: *** [all-recursive] Error 1
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I have followed all the steps given on the web and still grtting<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; this error.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Please tell me what is wrong here ?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; you have not send the interesting bit of information, right before this,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i.e. the real error.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; what platform is this?<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; -- Dhananjay<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18
471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list<br>&gt; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>_______________________________________________
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