
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2180" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi Gromacs-users</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I'm trying to do a pulling test in a tubulin 

protein.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I defined pull and reference groups each composed 

by more than 15 atoms.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>The recence group is frozen during all 

simulation.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>My&nbsp; .ppa file is</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2>

<P>verbose = yes</P>

<P>runtype = afm</P>

<P>group_1 = pull</P>

<P>reference_group = reference</P>

<P>reftype = com</P>

<P>pull_dim = Y N N</P>

<P>; rate in nm/ps</P>

<P>afm_rate1 = 0.1 </P>

<P>; Force constants in kJ/(mol*nm^2)</P>

<P>afm_k1 = 3000</P>

<P>; Directions</P>

<P>afm_dir1 = 1.0 0.0 0.0</P>

<P>; COM (= pull group's&nbsp; COM)</P>

<P>afm_init1 = 12.262807&nbsp; 4.368293&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.509590</FONT></P></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>During the simulation I have noticed that the 

centre of mass of the pull group (pull) can also move in opposite sense respect 

to afm_dir1 (user-defined).</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>In the other&nbsp;hand if I&nbsp;have defined 

afm_dir1 = 1.0 0.0 0.0 the pull group, during the&nbsp;pulling test, can move in 

direction&nbsp; -1.0&nbsp;0.0 0.0.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Can this depend on the value of spring elastic 

constant or on&nbsp;the afm_rate value?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Another question is about the .pdo 

file.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Why in Gromacs 3.2&nbsp;the COM value of the 

reference group&nbsp;is allways set to 0.0, in pdo file?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Thanks a lot </FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Marco 

D</FONT><FONT face=Arial size=2></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>