
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear Mark and all,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Sorry for boring you again.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I have&nbsp;performed a&nbsp;g_energy 

check.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Firstly I use a 45ps NPT equilibration with 

costrained protein then another 45ps NPT equilibration with free 

protein.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Now I am studying a 350k full dynamics of the same 

system.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>These are the g_energy results:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>For the first equilibration:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Statistics over 30001 steps [ 0.0000 thru 45.0000 

ps ], 3 data sets</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; 

Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Total 

Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-332261&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2534.56&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1997.14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-120.13&nbsp;&nbsp; 

-5406.05<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

353.591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.91115&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.89532&nbsp; 

0.0188968&nbsp;&nbsp; 0.850383<BR>Pressure 

(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-26.2488&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 132.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

124.656&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.38837&nbsp;&nbsp;&nbsp; 152.482<BR>Heat Capacity 

Cv:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.4723 J/mol K (factor = 

2.92137e-05)</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV></FONT><FONT face=Arial size=2>For the second 

equilibration:</FONT></DIV></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Statistics over 30001 steps [ 0.0000 thru 45.0000 

ps ], 3 data sets</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; 

Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Total 

Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-333296&nbsp;&nbsp;&nbsp; 405.704&nbsp;&nbsp;&nbsp; 402.837&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.70631&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

166.789<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

353.436&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3876&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.38391 

0.00778066&nbsp;&nbsp; 0.350141<BR>Pressure 

(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.51139&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98.9854&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98.9833 

-0.0503028&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.2637<BR>Heat Capacity 

Cv:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.4721 J/mol K (factor = 

1.54138e-05)<BR></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>For full dynamics (45ns) after 5-days-computing 

time: </FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Statistics over 5617501 steps [ 0.0000 thru 

8426.2500 ps ], 3 data sets</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; 

Tot-Drift<BR>-------------------------------------------------------------------------------<BR>Total 

Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-333496&nbsp;&nbsp;&nbsp; 458.834&nbsp;&nbsp;&nbsp; 457.266&nbsp; 

0.0155822&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

131.299<BR>Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

353.429&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.39732&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.39731 2.05578e-06&nbsp; 

0.0173225<BR>Pressure 

(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.02358&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.7865&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99.7842 

-0.000278171&nbsp;&nbsp; -2.34394<BR>Heat Capacity 

Cv:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.4721 J/mol K (factor = 

1.56309e-05)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Would you&nbsp;think they are ok?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Can I consider satisfactory the average values of 

temperature and pressure?</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>If not, I will try to follow your previous 

suggestions adding two NVT equilibration steps (before the NPT ones, because the 

EM steps worked fine).</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks a lot </FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Marino</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;</DIV></FONT></BODY></HTML>