<div id="RTEContent">it could be caused by insuffiencit equilibration time. or parameter settings. Please be more specific.<br><br>Yang Ye<br><br><b><i>tprq@superposta.com</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> Hello gmx-users,<br> I would like to clarify one point in my work. I have simulated a protein in explicit solvent with position restraint at 300K. Then in the second simulation I removed posititon restraint from the system and used previous .trr file as the restart file and in .mdp I made gen_vel = no, the simulation ended with lincs error. Changing uncostrained_start parameter to yes/no does not make effect.<br> Then I only changed gen_vel = yes, the simulation has continued to the end normally.<br> Could anyone give any idea for this?<br> <br> Thanks<br> Mustafa<br>  <br>  <div> <br> </div><br><br> <div> <a
 href="http://ads.superonline.com/click.ng/c1=35&amp;c2=3502&amp;c4=003&amp;c5=001" target="_blank"> <img src="http://ads.superonline.com/image.ng/c1=35&amp;c2=3502&amp;c4=003&amp;c5=001" border="0" height="60" width="468"> </a> </div> <br> _______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br>gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote><br></div>