<div id="RTEContent">Please allow me to ask this question not quite related to the subject:<br>&nbsp;&nbsp; How to combine/copy/change groups in make_ndx?<br><br>Yang Ye<br><br><b><i>"X.Periole" &lt;X.Periole@rug.nl&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> On Sun, 29 Jan 2006 15:45:46 +0530<br>  "meetmaagi" <meetmaagi@indiatimes.com> wrote:<br>&gt; <br>&gt; Dear gmxusers,<br>&gt; <br>&gt; i want to analyse the energy profiles of different <br>&gt;regions of protein (say active site, regions that <br>&gt;triggers the active site) with respect to one another and <br>&gt;also with the solvent (another energy group) at each <br>&gt;instant of time.<br>&gt; For that, i think i need to define different regions of <br>&gt;protein as different energy groups to compare the results <br>&gt;between these groups.<br>&gt; How to create an index file or other sort of things for <br>&gt;the same?<br>&gt;
 <br>make_ndx is a tools that allows one to generate indexes.<br>Here different parts of the protein.<br><br>XAvier<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list<br>gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br></meetmaagi@indiatimes.com></blockquote><br></div>