<div id="RTEContent">Thanks for the reply. <br><br>I tried but found not straitforward in manipulating on the group level with make_ndx. It does a good job on spliting bigger group into smaller ones and select atoms (but what to do with selected atoms?). It is not clear in the online help. Or is it designed in such way?<br><br>Yang Ye<br><br><b><i>"X.Periole" &lt;X.Periole@rug.nl&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> On Sun, 29 Jan 2006 06:21:55 -0800 (PST)<br>  <leafyoung81-group@yahoo.com> wrote:<br>&gt; Please allow me to ask this question not quite related <br>&gt;to the subject:<br>&gt;   How to combine/copy/change groups in make_ndx?<br>&gt; <br>When you are buildind a index ... you get a small<br>explaination the different commands that you can use.<br>e: a = atom name; r = residue number; the "&amp;" stands for<br>and; "|" stands for or ....<br><br>You can play with it and see that
 it is straightforward.<br><br>XAvier<br></leafyoung81-group@yahoo.com></blockquote><br></div>