<br>
<div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>&gt; It was also suggested that the simulations are too short.<br><br>You lost me there.&nbsp;&nbsp;The number of steps was the same, the times went up
<br>and up and up, but the scaling didn't improve all that much.&nbsp;&nbsp;I also<br>tried (since my last post) adding coulombtype=cut-off to the parameter<br>files but that made no difference whatsoever.&nbsp;&nbsp;Using the alternative<br>
Scaling formula of:</blockquote><div><br>
You are running an extremely short number of timesteps, but increasing
the system *size* to make the simulations take longer. That most likely
means you're *mostly* increasing the overhead involved in setting up
the system. So of course scaling is abysmal -- you're still running
trivially short calculations, just *really big* trivially short
calculations. Try running reasonable sized calculations that are long
(MORE STEPS) and then check out scaling. And, as already suggested, you
may want to do this on one of the standard benchmark systems that
was&nbsp; just pointed to.<br>
&nbsp;</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>It's 100baseT but your point is still valid.&nbsp;&nbsp;Since there was no<br>functional demo_mpi provided and I had to write one myself I'm wondering
<br>if I might not have some mpirun parameter set appropriate for lam-mpi<br>running with this program.</blockquote><div><br>
Again, it looks most likely that you're simply running really short
(that is, FEW TIMESTEPS) runs which are dominated by the system setup
time. <br>
<br>
I would point out that anytime I submit even a non-MPI job to the queue
here, it takes a few seconds (sometimes 30-60) for it to start. If I
only run a few timesteps, I would conclude it's extremely slow. I'm
pretty sure that the bigger the system, the longer this initial
overhead time before it starts doing anything. And this is for non-MPI
jobs; the overhead is probably larger for MPI jobs. So I still don't
see why you think running really short simulations of just a few
timesteps should give you good benchmarks. If you want something really
easy to set up, just put a protein in a box of water, or something, and
then try running it for an hour or two.<br>
<br>
David<br>
<br>
&nbsp;</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Thanks,<br><br>David Mathog<br><a href="mailto:mathog@caltech.edu">mathog@caltech.edu
</a><br>Manager, Sequence Analysis Facility, Biology Division, Caltech<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>