Dear users,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have compiled gromacs on our dual core mac os x G5
cluster, and tried running a simulation on a 540 residue protein for 1
ns on 8 processors. i used mpich as the mpi environment for
parallelising gromacs. it worked fine, and the job was split properly
and assigned to nodes. now, the cpu usage per processor is not more
than 50% on any of the processors. and the total running time for this
was 13hrs. though output is written properly onto the specified output
file, mdirun doesnot terminate even after running through all the
steps. it still shows two mdrun_mpi processes running on the head node,
with a 0% cpu usage. was going through gmx-users mailing list and
somehow figured out that mpich is not a good idea for running gromacs.
so, i wanted to switch over to lam. now when i complie gromacs using
lam, it is not able to link the libraries properly. so, i tried
reinstalling lam on my cluster. now, lam keeps complaining about not
being able to find a fortran compiler. i should not need a fortran
compiler unless i'm using SUN or SGI for this purpose..(am i going
wrong here?). what flags do i need to compile lam with, in order to
compile gromacs successfully? any help is very much appreciated..<br>
thanks in advance,<br>
regards,<br>
kota.<br>