I usually do this by defining a new atom type in the [ atomtypes ]
section at the top of my topology file which has the parameters I want
(i.e. zero charge, zero vdw interactions). <br>
<br>
David<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/3/06, <b class="gmail_sendername"><a href="mailto:mernst@tricity.wsu.edu">mernst@tricity.wsu.edu</a></b> &lt;<a href="mailto:mernst@tricity.wsu.edu">mernst@tricity.wsu.edu</a>&gt; wrote:
</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear gmx-users,<br><br>The Pande group amber port does not contain any specially designated dummy atom type
<br>like DUM. It does however contain atom types that seem very similar, like MW. I have<br>used MW as a dummy in a simulation where a hydrogen disappears (turns into a dummy<br>atom), assigning it zero charge as well. Is this a reasonable substitution? It is my
<br>understanding that dummy atoms should have zero mass, zero charge, and zero vdw<br>interactions, and that their bonded interactions are unimportant (can duplicate<br>parameters of the atoms they are replacing) since in any case they will have no
<br>energetic impact, being massless in their final state. Of course there are no long-range<br>interactions either with dispersion and electrostatic effects set to zero.<br><br>Finally, I would like to thank everyone who has responded to my questions over the last
<br>few days. Your help has been invaluable in getting me up to speed in this new simulation<br>environment.<br><br>Matt Ernst<br>Washington State University<br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>