well, either way, it's not up to specs... but we had bigger problems :)<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/3/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Tamas Horvath wrote:<br>&gt; But... it's no big deal to change HEADER to REMARK, is it?
<br>According to the pdb standard HEADER is obligatory, which doesn't really<br>bother me in itself. However you can also do a one-liner<br><br>grep -v HEADER orig.pdb &gt; new.pdb<br><br>to get rid of it...<br><br>&gt;<br>
&gt; On 2/3/06, *Tamas Horvath* &lt;<a href="mailto:hotafin@gmail.com">hotafin@gmail.com</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:hotafin@gmail.com">hotafin@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The BioJava PDB parser
<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On 2/3/06, *David van der Spoel* &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Tamas Horvath wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;Hi!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;trjconv generates an invalid HEADER record.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;GENERATED BY TRJCONV<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;HEADER&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Protein in water t=&nbsp;&nbsp; 
0.00000<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;THIS IS A SIMULATION BOX<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;According to the pdb file format specifications, it's an<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; invalid header,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;and it causes problems while parsing.
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;So, can it be changed to REMARK?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;(Sorry if it has been changed since 3.2.1)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;_______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
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</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;Can't post? Read<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; What's wrong with it? The header should be a string of max 40<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; characters, see<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=file_formats/pdb/format_guide_noframes.html">
http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=file_formats/pdb/format_guide_noframes.html</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=file_formats/pdb/format_guide_noframes.html">http://www.pdb.org/pdb/static.do?p=file_formats/pdb/format_guide_noframes.html
</a>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; What software is complaining about it?<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:
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<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
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