Hi David,<br>
<br>
To interpret the number, note that pdb2gmx renumbers all atoms starting from 1.<br>
<br>
In addition, I don't know which force field you are trying to use, but
you may be best off with either OPLS or Amber. Then it may help to
split the pdb file and process the protein and DNA seperately. These
can be easily combined later on again. The long bonds usually arise
because pdb2gmx doesn't know where a chain starts and ends. It can
infer that from a chain identifier, but otherwise it will just connect
residues in the order that they are given. The long bond will then
correspond to the break in chains or it may be due to a stretch of
missing residues. Then finally, -ignh is not intended to ignore missing
hydrogens, it is intended to ignore hydrogens which should not be
present according to the force field you're using, i.e. strip all
hydrogens and regenerate them again according to an idealized geometry.
The warnings about hydrogen atoms which should be there probably arise
because pdb2gmx fails to recognize them properly (as hydrogens).<br>
<br>
Maybe it will also help if you have a look at the ff****.rtp file in
the Gromacs /share/top/ directory, which lists the residue definitions
for a given force field (ffG43a1.rtp for the gromos force field for
example). In addition, if you're using the Gromos force field you can
try to get yourself a Gromos manual, where all the building blocks are
listed with the topology.<br>
<br>
And if all else fails, you can post the output from pdb2gmx performed
on the DNA part and there will probably be someone who can help to see
where it goes wrong still.<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br><div><span class="gmail_quote">On 2/2/06, <b class="gmail_sendername">David Mathog</b> &lt;<a href="mailto:mathog@caltech.edu">mathog@caltech.edu</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
More progress, sort of.<br><br>By changing C7 -&gt; C5M in the DTHY records I finally managed<br>to get pdb2gmx -ignh -missing to run to completion.<br><br>That said, it does not appear to have worked correctly.<br><br>1.&nbsp;&nbsp;None of the DNA is protonated.
<br>2.&nbsp;&nbsp;The protein is protonated<br><br>which is craziness, it should be one way or the other.<br><br>3.&nbsp;&nbsp;There were 3 long bond warnings right after &quot;Making bonds...&quot;.<br>However I cannot figure out why they are there since the
<br>corresponding atom positions in the gmx output file don't correspond<br>to atoms that make bonds in the rtp file.<br><br>What do the position numbers in the long bond message refer to?<br><br>Thanks,<br><br>David Mathog
<br><a href="mailto:mathog@caltech.edu">mathog@caltech.edu</a><br>Manager, Sequence Analysis Facility, Biology Division, Caltech<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to 
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote>
</div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands
<br>+31 50 363 4336<br>