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Hi Prettina,<br>
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We do not receive to many prayers on this user list and nor do I know
whether you want me to praise the lord for being able to help you or
simply in general. But to cut it short, you can just proceed with your
md run. You could have checked the user list archives either with
&quot;minimization&quot; and &quot;converge&quot; or &quot;machine precision&quot;. You would have
gotten many hits, which all give the same answer: if you just want to
do md, it's enough to have the worst overlaps and bad contacts relieved
a bit.., the md integrator will do the rest. The negative potential
energy indicates that everything is ok. Only if your intention is to do
normal modes analysis you need to have a completely relaxed structure.<br>
<br>
Cheers,<br>
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Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/8/06, <b class="gmail_sendername">Prettina Anto_Louis</b> &lt;<a href="mailto:pretti_louis@krify.com">pretti_louis@krify.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello gromacs users,<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Greetings!<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I
am working with a drug-enzyme complex. For my complex, I am facing the
problem in the energy minimisation step with both steepest followed
by&nbsp;&nbsp;conjugate . Both of these integrators, didn't converge
with the given number of steps. I did the energy minimisation using
steepest with the following parameters in the em.mdp file:<br><br>==========================em.mdp(steep)=============<br><br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;/lib/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;-DFLEX_SPC<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;none
<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;steep<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000<br><br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;2000<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.01<br><br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;grid
<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;no<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;no<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;no<br><br>================================================
<br><br>&nbsp;&nbsp;I got the follwing result:<br><br><br>Stepsize too small (5.71705e-07 nm)Converged to machine precision,<br>but not to the requested precision (2000)<br><br>Steepest Descents did not converge in 442 steps<br>&nbsp;&nbsp;Potential Energy&nbsp;&nbsp;= -
7.01019e+05<br>Maximum force:&nbsp;&nbsp;9.58302e+03<br><br>============================================<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
So, I again performed the energy minimisation using the conjugate
gradient with the following parameters after the steepest:<br><br>============em.mdp(cg)=========<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;/lib/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;-DFLEX_SPC<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;cg
<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000<br>nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1000<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1000<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;0.01<br><br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;grid
<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;1<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;no<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;no<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;1.0<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;&nbsp;no<br><br>=======================<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I got the following output for my CG minimisation:
<br><br><br>Negative number for sqrt encountered (-75353886948327424.000000)<br>Terminating minimization<br><br>writing lowest energy coordinates.<br><br>Back Off! I just backed up em.trr to ./#em.trr.1#<br><br>Conjugate Gradients did not converge in 927 steps
<br>&nbsp;&nbsp;Potential Energy&nbsp;&nbsp;= -7.80361e+05<br>Maximum force:&nbsp;&nbsp;1.08202e+04<br><br>=============<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Please let me know, what is the problem with the energy minimisation.
Am I going wrong with any of the parameters in the em.mdp file? Please
guide me. Should i proceed with my molecular dynamics with this
minimised complex coordinates, or should i further minimize the same?
Please guide me.<br><br>Thanks in advance!<br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&quot;praise the lord!&quot;<br><br><br>With prayers,<br>prettina<br><br><br>_____________________________________________________________<br>I use Krify Mail - 
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M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>