Hi Prettina,<br>
<br>
You want l-bfgs (undercaps L), not 1-bfgs. Besides, l-bfgs was not yet
available in 3.1.4. Try a later version for that. But I remember that
you want to start and MD-run. Then forget about full convergence of
energy minimization. Just start your run from the structure obtained
using steepest descend. If the potential energy is well negative (as it
was IIRC) it should not be a problem.<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/11/06, <b class="gmail_sendername">Prettina Anto_Louis</b> &lt;<a href="mailto:pretti_louis@krify.com">pretti_louis@krify.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<p><font face="Arial, Helvetica, sans-serif" size="2"></font><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">Hello Mr. Tim,</font></p>
<p><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
I tried as per your guidance but with Gromacs 3.1.4 I got the following
error:</font></p>
<p><font face="Arial" size="2"></font>&nbsp;</p>
<p>ERROR: invalid enum '1-bfgs' for variable integrator, using 'md'<br>Next time use one of: 'md' 'steep' 'cg' 'bd' 'sd' 'nm'<br></p>
<p><font face="Arial" size="2">&nbsp;&nbsp;&nbsp; The em.mdp file which i used had the following parameters:</font></p>
<p><font face="Arial" size="2">cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEXIBLE<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1-bfgs<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000</font></p>
<p><font face="Arial" size="2">;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2000<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01</font></p>
<p><font face="Arial" size="2">nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; simple<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no
<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br></font></p>
<p><font face="Arial" size="2">================</font></p>
<p><font face="Arial" size="2"></font>&nbsp;</p>
<p><font face="Arial" size="2">&nbsp;&nbsp;&nbsp; sir, please let me know, am i going wrong somewhere.</font></p>
<p><font face="Arial" size="2"></font>&nbsp;</p>
<p><font face="Arial" size="2">&nbsp;Thanks in advance</font></p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;&nbsp;&nbsp; </p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>&nbsp;</p>
<p><font style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" size="2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </font></p>
<p><br>&nbsp;<br><br><br>With prayers,<br>prettina </p><br>&nbsp;<br><hr>I use Krify Mail - <a href="http://mail.krify.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://mail.krify.com</a>  Get  yourmail at  Krify today!
<br>

<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen
<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>