Hi Itamar,<br><br>One peak indicates that it's likely you're only sampling a single local minimum.<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/13/06, <b class="gmail_sendername">Itamar Kass</b> &lt;<a href="mailto:ikass@cc.huji.ac.il">
ikass@cc.huji.ac.il</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br><div><div>On Feb 13, 2006, at 11:09 AM, X.Periole
 wrote:</div><br><blockquote type="cite"><p style="margin: 0px;"><font style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;" face="Helvetica" size="3">
To get the number of clusters you have to run the program</font></p> <p style="margin: 0px;"><font style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;" face="Helvetica" size="3">
again giving a cutoff, the minimum between the picks or</font></p> <p style="margin: 0px;"><font style="font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 12px; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;" face="Helvetica" size="3">
another one.</font></p> </blockquote></div><br><div> <span style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;">
<span style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;">
<div style="margin: 0px;">Here I&nbsp;probably have to ask, if I have only&nbsp;one pick, should I chose a rmsd cutoff from the right slope of the graph? Is one pick indicates unnatural uniform simulation?&nbsp;</div><div style="margin: 0px;">
<br></div><div style="margin: 0px;">===========================================</div><div style="margin: 0px;">| Itamar Kass</div><div style="margin: 0px;">| The Alexander Silberman</div><div style="margin: 0px;">| Institute of Life Sciences
</div><div style="margin: 0px;">| Department of Biological Chemistry</div><div style="margin: 0px;">| The Hebrew University, Givat-Ram</div><div style="margin: 0px;">| Jerusalem, 91904, Israel</div><div style="margin: 0px;">
| Tel: +972-(0)2-6585194</div><div style="margin: 0px;">| Fax: +972-(0)2-6584329</div><div style="margin: 0px;">| Email: <a href="mailto:ikass@cc.huji.ac.il" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
ikass@cc.huji.ac.il</a></div><div style="margin: 0px;">| Homepage: <a href="http://www.ls.huji.ac.il/%7Emembranelab/itamar/itamar_homepage.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/itamar/itamar_homepage.html
</a></div><div style="margin: 0px;">============================================</div><br></span></span> </div><br>
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen
<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>