<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><BR></SPAN></FONT><DIV> <SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -khtml-border-horizontal-spacing: 0px; -khtml-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><SPAN class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -khtml-border-horizontal-spacing: 0px; -khtml-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -khtml-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -apple-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Shalom all,</SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"> </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">I am using g_cluster to analyze my MD results, where one of the output files is rmsd-dist.xvg.</SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><BR class="khtml-block-placeholder"></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">I hope this is not a silly question, but I do wish to understand what this graph represents.</SPAN></FONT><SPAN style="mso-spacerun: yes"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">  </SPAN></FONT></SPAN><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Is this the RMS distribution in the biggest cluster? Is this the RMS distribution among all clusters?</SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"> </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Also, what a.u. represents?</SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"> </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Finally, what can I learn from this graph on my results?</SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"> </SPAN></FONT><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><O:P></O:P></SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">Best, Itamar.</SPAN></FONT></DIV><DIV class="MsoNormal"><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><BR class="khtml-block-placeholder"></SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"></SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">===========================================</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Itamar Kass</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| The Alexander Silberman</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Institute of Life Sciences</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Department of Biological Chemistry</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| The Hebrew University, Givat-Ram</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Jerusalem, 91904, Israel</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Tel: +972-(0)2-6585194</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Fax: +972-(0)2-6584329</SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Email: <A href="mailto:ikass@cc.huji.ac.il">ikass@cc.huji.ac.il</A></SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">| Homepage: <A href="http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/itamar/itamar_homepage.html">http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/itamar/itamar_homepage.html</A></SPAN></FONT></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;">============================================</SPAN></FONT></DIV><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><BR class="Apple-interchange-newline"></SPAN></FONT></SPAN></SPAN><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"> </SPAN></FONT></DIV><FONT class="Apple-style-span" face="Georgia" size="4"><SPAN class="Apple-style-span" style="font-size: 14px;"><BR></SPAN></FONT></BODY></HTML>