<br clear="all">Hi gmx' users,<br>
<br>
I have tried running gromacs with a diferent force field.&nbsp; Adjusted by us.<br>
<br>
Firstly, I have setted in FF.dat, the new force field, as following:<br>
7<br>
ffG43a1&nbsp; GROMOS96 43a1 Forcefield (official distribution)<br>
ffG43b1&nbsp; GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield (official distribution)<br>
ffG43a2&nbsp; GROMOS96 43a2 Forcefield (development) (improved alkane dihedrals)<br>
ffoplsaa OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br>
ffoplsaa_new&nbsp; OPLSAA (modificado por luciano)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;---------- LOOK THIS !<br>
ffgmx&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gromacs Forcefield (see manual)<br>
ffgmx2&nbsp;&nbsp; gmx Forcefield with hydrogens for NMR stuff (Do NOT use for new runs)<br>
<br>
<br>
Then I generated the new files ffoplsaa_new* (<font face="Arial" size="2"><strong>.rtp, .atp, -n.tdb, bon.itp etc.) (9 total).<br>
<br>
When I tried run grommp with:<br>
<br>
prompt&gt; grompp -v -f grompp.mdp -c input.gro -p input.top&nbsp; -o -debug<br>
<br>
<span style="font-weight: bold;">It </span>is shown this message:<br>
<br>
<span style="font-weight: bold;">#########################################################</span><br>
<span style="font-weight: bold;">Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.8#<br>
checking input for internal consistency...<br>
calling /lib/cpp...<br>
processing topology...<br>
Generated 120 of the 120 non-bonded parameter combinations<br>
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>
Generated 120 of the 120 1-4 parameter combinations<br>
Cleaning up temporary file gromppTtNKGJ<br>
Fatal error: Atomtype 'CT' not found!<br>
########################################################</span><br>
</strong></font><br>
The atomtype CT is defined in *.atp, *.rtp, ffoplsaa_newbon.itp and ffoplsaa_newnb.itp.<br>
I also checked ffoplsaa_new.itp and it is as shown below:<br>
prompt&gt; cat ffoplsaa_new.itp<br>
#define _FF_OPLS<br>
#define _FF_OPLSAA<br>
<br>
; This force field uses a format that requires Gromacs 3.1.4 or later.<br>
;<br>
; References for the OPLS-AA force field:<br>
;<br>
; W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell, and J. Tirado-Rives,<br>
; J. Am. Chem. Soc. 118, 11225-11236 (1996).<br>
; W. L. Jorgensen and N. A. McDonald, Theochem 424, 145-155 (1998).<br>
; W. L. Jorgensen and N. A. McDonald, J. Phys. Chem. B 102, 8049-8059 (1998).<br>
; R. C. Rizzo and W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc. 121, 4827-4836 (1999).<br>
; M. L. Price, D. Ostrovsky, and W. L. Jorgensen, J. Comp. Chem. (2001).<br>
; E. K. Watkins and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem. A 105, 4118-4125 (2001).<br>
; G. A. Kaminski, R.A. Friesner, J.Tirado-Rives and W.L. Jorgensen, J. Phys. Chem. B 105, 6474 (2001).<br>
;<br>
<br>
[ defaults ]<br>
; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<br>
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>
<br>
;#include &quot;ffoplsaanb.itp&quot;<br>
;#include &quot;ffoplsaabon.itp&quot;<br>
#include &quot;ffoplsaa_newnb.itp&quot;<br>
#include &quot;ffoplsaa_newbon.itp&quot;<br>
<br>
What should I do in this case ?! Why the error message ?! <br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Luciano.<br>
<br>-- <br>### Luciano Tavares da Costa ###<br>##&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>##&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100 % Linux<br>#############################