&nbsp;&nbsp; Dear Gromacs users,<br>
&nbsp;&nbsp; Perhaps it is a simple question, but it will help me a
lot. Is it possible with GROMACS forcefield to simulate in a box
elements without solvent?? Or is the solvent an essential bondary
condition?<br>
&nbsp;&nbsp; Well I could define a box with editconf and run
simulations without using genbox, in a system in which I froze some
molecules and would like to have the protein not frozen. However when
running grompp I got the message &quot;Number of degrees of freedom in
T-Coupling group Protein is 0.00&quot; and &quot;Number of degrees of freedom in
T-Coupling group OHH is 0.00&quot; , and probably as result of it the
temperature was always zero.<br>
&nbsp;&nbsp; Below comes <span style="font-weight: bold;">part</span>
of my .mdp file. I can not see why it occurs (temperature = zero), once
I believe that I applied the frozen group option only for sol, not for
protein. Can anybody help me? Sorry for the long e-mail and thank you
in advance for your colaboration,<br>
&nbsp;&nbsp; Fernando Mattio<br>
&nbsp;&nbsp; <br>
;group(s) to write to xtc trajectory<br>
xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= protein&nbsp; OHH <br>
;group(s) to write to energy file <br>
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= protein OHHl <br>
;Frequency to update the neighbor list (and the long-range forces, <br>
;when using twin-range cut-off's). <br>
nstlist &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 10<br>
;Make a grid in the box and only check atoms in neighboring grid cells <br>
;when constructing a new neighbor list every nstlist steps. <br>
ns_type &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= grid<br>
;cut-off distance for the short-range neighbor list<br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.8<br>
;treatment of electrostatic interactions<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= cut-off<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.4<br>
;treatment of van der waals interactions<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.4<br>
; Periodic boudary conditions in all the directions <br>
pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= xyz<br>
;Temperature coupling<br>
tcoupl&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= berendsen<br>
tc-grps &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= protein OHH&nbsp;  <br>
tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.1 0.1 &nbsp;  <br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 263 263 <br>
;Pressure coupling<br>
Pcoupl&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= berendsen<br>
Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>
tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 0.5<br>
compressibility &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 4.5e-5<br>
ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 1.0<br>
;Velocity generation<br>
gen_vel &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= yes <br>
gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 263<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= 173529<br>
;Constrain all bonds<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;= all-bonds<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  <br>
freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = OHH<br>
freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y<br>