Dear users,<br><br>I have a ligand obtained in the PRODRG2 server and I want to do a MD in a methanol box, however the topology of methanol distributed with gromacs is compatible with ffG43a1 force field and the ligand was build in gromos 87 format and I got next errors if I use ffgmx :
<br><br>Fatal error: Invalid order for directive atomtypes, file &quot;&quot;methanol.itp&quot;&quot;, line 3<br><br>while in a water box this work fine.&nbsp; <br>I need to build the topologies for the corresponding force field or there is another kind to fix it?
<br><br>Thansk in advance,<br><br>Gerardo Perez Hernandez<br>