<br>
I strongly sugest you to try double precision compilation<br>
for energy conservation in NVE.<br>
<br>
Single precision is enough for NPT/NVT due to <br>
convenient algorithms (velocity and volume reescaling)<br>
that keeps the system at the desired termodynamic state<br>
(constante pressure and constante temperature) masking<br>
the truncation errors of the single precision simulation.<br>
<br>
In NVE no algorithm is used, so the double precision <br>
is necessary to prevent/postpone energy drift due to<br>
this error acumulation.<br>
<br><br><div><span class="gmail_quote">2006/2/16, Janne Hirvi &lt;<a href="mailto:janne.hirvi@joensuu.fi">janne.hirvi@joensuu.fi</a>&gt;:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&gt; Have you compiled gromacs in single precision?<br>&gt; I think double precision compilation is critical<br>&gt; for energy conservation in NVE.<br><br>Yes, I have used only single precision compilation because it has been enough
<br>accurate until now (NPT/NVT). Actually I just want to know if employed time<br>step of 2fs is applicable and so I think that I should use same compilation<br>also for energy conservation simulation in NVE ensemble. Or may I prove
<br>suitability of this long time step with double precision compilation even I<br>have done other simulations with single precision compilation?<br><br>Janne<br><br><br>&gt; 2006/2/16, Janne Hirvi &lt;<a href="mailto:janne.hirvi@joensuu.fi">
janne.hirvi@joensuu.fi</a>&gt;:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hello!<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I have read several messages about energy conservation problems and<br>&gt; &gt; solutions<br>&gt; &gt; but however I am not sure if I have done something stupid. I have used
<br>&gt; &gt; time<br>&gt; &gt; step of 2.0fs for rigid SPC and SPC/E water models in simulations of bulk<br>&gt; &gt; water<br>&gt; &gt; (NPT) and water droplets on frozen polymer surfaces (NVT). Everything<br>&gt; &gt; seemed to
<br>&gt; &gt; be just fine but when I tested energy conservation of bulk model in NVE<br>&gt; &gt; ensemble I was terrified.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; NVE bulk simulation of 1372 rigid SPC water molecules with 2fs time step
<br>&gt; &gt; (total<br>&gt; &gt; time 500ps) resulted in huge drift in total energy. I used same parameters<br>&gt; &gt; as<br>&gt; &gt; for other simulations and even those aren't optimal I expected atleast<br>&gt; &gt; something better. Energy conservation seemed to be adequate only when I
<br>&gt; &gt; used as<br>&gt; &gt; short time step as 0.5fs.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Time step (fs)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Total Energy (kJ/mol)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Drift<br>&gt; &gt;<br>&gt;
&gt;
2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-45596.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1235.5<br>&gt; &gt;
1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-46147.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
330.974<br>&gt; &gt;
0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-46331.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&lt;10 (not yet finished)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Parameters:<br>&gt; &gt;<br>&gt;
&gt;
comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
None or Linear<br>&gt; &gt;
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
5 or 10<br>&gt; &gt;
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=
1.2<br>&gt; &gt; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= PME<br>&gt; &gt; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>&gt; &gt; vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off<br>&gt;
&gt;
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= 1.2<br>&gt; &gt; fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.12<br>&gt; &gt; pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 4<br>&gt; &gt; ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-05<br>&gt; &gt; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3d<br>&gt;
&gt;
tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= No<br>&gt; &gt;
Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
= No<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Bad energy conservation indicates that employed time step of 2.0fs is too<br>&gt; &gt; long<br>&gt; &gt; but however other results from NPT bulk simulations are reasonable.<br>
&gt; &gt; Moreover I<br>&gt; &gt; think that its quite normal to use this long time step for rigid water<br>&gt; &gt; molecules. So I am willing to know if this large energy conservation<br>&gt; &gt; problems<br>&gt; &gt; are acceptable and are they atleast &quot;partially compensated&quot; in NPT or NVT
<br>&gt; &gt; ensemble when temperature coupling prevents heating of the system?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Thanks for any help or comments!<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Janne<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>------------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Janne Hirvi, MSc(Physical Chemistry), Researcher<br>&gt; &gt; University of Joensuu, Department of Chemistry, 
P.O.Box 111 80101 Joensuu,<br>&gt; &gt; FI<br>&gt; &gt; Tel: +358 13 2514544 &amp; +358 50 3474223<br>&gt; &gt; E-mail: <a href="mailto:Janne.Hirvi@joensuu.fi">Janne.Hirvi@joensuu.fi</a> &amp; <a href="mailto:hirvi@cc.joensuu.fi">
hirvi@cc.joensuu.fi</a><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt;<br>------------------------------------------------------------------------------<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
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