I heard that previous version gomacs can read amber
trajectory file by changing name to .g87.  So I tried this command
after renaming amber trajectory to .87:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp; &nbsp; g_gyrate -f nmwt.g87 -s nmwt.tpr -n index.ndx<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I got the following Segmentation fault error: <br>
---------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
:(abbreviated)<br>
Selected 1: 'Protein'<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;Select File Format<br>
---------------------------<br>
1. XYZ File<br>
2. XYZ File with Box<br>
3. Gromos-87 Ascii Trajectory<br>
4. Gromos-87 Ascii Trajectory with Box<br>
&nbsp;<br>
Choice: 4<br>
&nbsp;<br>
GROMOS! OH DEAR...<br>
&nbsp;<br>
Number of atoms ? 17351<br>
Time between timeframes ? 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<br>
&nbsp;<br>
Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 790 time&nbsp; 791.000<br>
Back Off! I just backed up gyrate.xvg to ./#gyrate.xvg.4#<br>
Segmentation fault<br>
--------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Have someone had successful experience of
using amber trajectory in gromacs 3.3? Also&nbsp; in trajectory, I have
800ps which means 800 sets of coordinates and boxsize but it seems
always read 790 sets (based on the number of read frames prined out on
screen).&nbsp; If I try some other amber trajectory with 100 sets, it
seems to read to 90 sets only. Is it right? Any suggestion is welcome.. <br>