I'm checking.  For box, is it 3*10 or 3*8 per frame?
I do see difference in the defined format between .g87 and amber for
the box as the following: <br>
For .g87: <br>
<pre>--------------------------------------------------------------------------<br>TITLE<br>x(i) (10f8.3)<br>box(m) (10f8.8)<br>----------------------------------------------------------------------------</pre>
<br>
For amber: <br>
---------------------------------------------------------------------------------------<br>
<a name="trajectory">
<h3>AMBER trajectory (coordinate or velocity) file specification
</h3>
</a>
This file is optionally written during dynamics in 
<tt>SANDER</tt> or <tt>GIBBS</tt>.
<pre>FORMAT(20A4) ITITL<br>  ITITL  : the title of the current run, from the AMBER<br>           parameter/topology file<br></pre>

The following snapshot is written every <tt>NTWX</tt> steps in the
trajectory (specified in the control input file): 
<pre>FORMAT(10F8.3)  (X(i), Y(i), Z(i), i=1,NATOM)<br>  X,Y,Z  : coordinates or velocities (velocity units: Angstroms per 1/20.455 ps)<br></pre>

<h4>IF constant pressure (in 4.1, also constant volume)</h4>

For each snapshot:
<pre>FORMAT(10F8.3)  BOX(1), BOX(2), BOX(3)<br>--------------------------------------------------------------------------------------- <br><span style="font-family: arial,sans-serif;"><br><br></span><br></pre>
sincerely<br>
lydia<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/18/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Lydia wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I don't want to rerun because there are too many to rerun.&nbsp;&nbsp;But I<br>&gt; still want to use gromacs analysis tool&nbsp;&nbsp;which is very powerful.<br><br>Then you'll have to debug a bit further. I suspect the file and the
<br>software go out of sync somewhere. Does it work to read 100 frames? 10<br>frames? 1 frame? (Use the -e option again).<br><br>You should be able to read 1 frame and compute hbonds on it.<br><br>Also you could try to check the file size. If you have Natom atoms then
<br>the file size should be Natom*3*8 bytes + 3*10 bytes (box) per frame,<br>plus 80 bytes for&nbsp;&nbsp;a title. Thus<br>Filesize = 80 + Nframe * ( Natom*3*8 + 3*10 )<br>It might be that an extra character is stored per line in the file
<br>(newline), this you could take into account by subtracting the number of<br>lines in the file (wc file.g87)<br><br>Good luck...<br><br>&gt; Lydia<br>&gt;<br>&gt; On 2/18/06, *Lydia* &lt;<a href="mailto:aether2006@gmail.com">
aether2006@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:aether2006@gmail.com">aether2006@gmail.com</a>&gt;&gt;<br>&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Amber mdcrd trajectory has the same format of .g87 (title, x(i)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; and box).
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I tried g_hbond -e 750 but it gave me the same. I notice that in<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the manual, you have .g96 instead .g87 mostly. Is it because .g87<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; can not be read and analyzed any more?&nbsp;&nbsp;Thank you for your help and
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; information.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sincerely<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lydia<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; On 2/18/06, *David van der Spoel* &lt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lydia wrote:<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If I calculate hbond it won't&nbsp;&nbsp;give error information but&nbsp;&nbsp;the<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; try g_hbond -e 750<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; to see whether the beginning of the traj is OK.
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If the format is not as expected I don't know how to fix it.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maybe you<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; can mould our trajecotry into another format using some kind of<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; script.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Otherwise just try and rerun the simulation...
<br>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;hbnum.xvg will be<br>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;cat hbnum.xvg<br>&gt;&gt;
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;# This file was created Sat Feb 18 08:44:34 2006<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;# by the following command:<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;# g_hbond -f nmwt.g87 -s nmwt.tpr -n index.ndx -num -hbm -a 120<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;#<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;# g_hbond is part of G R O M A C S:
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;#<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;#<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;xaxis&nbsp;&nbsp;label &quot;Time&quot;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;yaxis&nbsp;&nbsp;label &quot;Number&quot;
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@TYPE xy<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ legend on<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ legend box on<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ legend loctype view<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ legend 0.78, 0.8<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ legend length 2<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;801&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4<br>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I'm expecting 800 rows of numbers which are the number of<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; hbonds<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;as&nbsp;&nbsp;a function of time (800ps).&nbsp;&nbsp;But it&nbsp;&nbsp;has only one row to<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; give out<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;the average number of hbonds per timeframe 11.000 out of 330<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; possible.<br>
&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Best wishes<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Lydia<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;_______________________________________________
<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Husargatan 3, Box
596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124
Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471
4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46
18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a> &lt;<a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel">http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel
</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________
<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>