&nbsp;&nbsp;&nbsp; If I calculate hbond it won't&nbsp; give error information but&nbsp; the hbnum.xvg will be<br>
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
cat hbnum.xvg<br>
<br>
# This file was created Sat Feb 18 08:44:34 2006<br>
# by the following command:<br>
# g_hbond -f nmwt.g87 -s nmwt.tpr -n index.ndx -num -hbm -a 120<br>
#<br>
# g_hbond is part of G R O M A C S:<br>
#<br>
# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat<br>
#<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; xaxis&nbsp; label &quot;Time&quot;<br>
@&nbsp;&nbsp;&nbsp; yaxis&nbsp; label &quot;Number&quot;<br>
@TYPE xy<br>
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>
@ legend on<br>
@ legend box on<br>
@ legend loctype view<br>
@ legend 0.78, 0.8<br>
@ legend length 2<br>
@ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<br>
@ s1 legend &quot;Pairs within 0.35 nm&quot;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
801&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I'm expecting 800 rows of numbers which are
the number of hbonds as&nbsp; a function of time (800ps).&nbsp; But
it&nbsp; has only one row to give out the average number of hbonds per
timeframe 11.000 out of 330 possible.&nbsp; <br>
<br>
Best wishes<br>
Lydia<br>