Thank you for your reply. I see box in the .g87 file. And
if I try choice 3, I get the following and end up segementation fault
again. <br><br>
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp; g_gyrate -f nmwt.g87 -s nmwt.tpr -n index.ndx<br>
<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; VERSION 3.3&nbsp; (-:<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2004, The GROMACS development team,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; g_gyrate&nbsp; (-:<br>
&nbsp;<br>
Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------------<br>
&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nmwt.g87&nbsp;
Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc
trr trj gro g96 pdb<br>
&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nmwt.tpr&nbsp;
Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure+mass(db): tpr
tpb tpa gro g96 pdb<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
xml<br>
&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt!&nbsp; Index file<br>
&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gyrate.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>
-acf&nbsp;&nbsp;&nbsp; moi-acf.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>
------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp;
bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit
command line options<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp;
time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; First frame (ps) to read
from trajectory<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;
time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Last frame (ps) to read from
trajectory<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -dt&nbsp;&nbsp;
time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Only use frame when t MOD dt
= first time (ps)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>
&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
xvg files for the xmgrace program<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nmol&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; The number of molecules to
analyze<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]q&nbsp;&nbsp;
bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use absolute value of the charge
of an atom as<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
weighting factor instead of mass<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]p&nbsp;&nbsp;
bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Calculate the radii of gyration
about the<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
principal axes.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]moi&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
no&nbsp; Calculate the moments of inertia (defined by&nbsp; the<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
principal axes).<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -acflen&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Length of the ACF, default is half
the number of<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
frames<br>
-[no]normalize bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Normalize ACF<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -P&nbsp;&nbsp;
enum&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Order of Legendre polynomial
for ACF (0 indicates<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
none): 0, 1, 2 or 3<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -fitfn&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp; Fit function: none, exp, aexp, exp_exp, vac,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
exp5, exp7 or exp9<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -ncskip&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Skip N points in the output
file of correlation<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
functions<br>
&nbsp;&nbsp; -beginfit&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Time where to begin the exponential fit of the<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
correlation function<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -endfit&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Time where to end the exponential fit of the<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
correlation function, -1 is till the end<br>
&nbsp;<br>
Reading file nmwt.tpr, VERSION 3.3 (single precision)<br>
Reading file nmwt.tpr, VERSION 3.3 (single precision)<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has 17351 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Protein) has&nbsp;&nbsp; 732 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp; Protein-H) has&nbsp;&nbsp; 366 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C-alpha) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 (&nbsp;&nbsp;&nbsp; Backbone) has&nbsp;&nbsp; 156 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 (&nbsp;&nbsp; MainChain) has&nbsp;&nbsp; 209 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 (MainChain+Cb) has&nbsp;&nbsp; 250 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7 ( MainChain+H) has&nbsp;&nbsp; 260 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8 (&nbsp;&nbsp; SideChain) has&nbsp;&nbsp; 472 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9 ( SideChain-H) has&nbsp;&nbsp; 157 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10 ( Prot-Masses) has&nbsp;&nbsp; 732 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11 ( Non-Protein) has 16619 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl-) has&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WAT) has 16614 elements<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Other) has 16619 elements<br>
Select a group: 1<br>
Selected 1: 'Protein'<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;<br>
&nbsp;&nbsp; Select File Format<br>
---------------------------<br>
1. XYZ File<br>
2. XYZ File with Box<br>
3. Gromos-87 Ascii Trajectory<br>
4. Gromos-87 Ascii Trajectory with Box<br>
&nbsp;<br>
Choice: 3<br>
&nbsp;<br>
GROMOS! OH DEAR...<br>
&nbsp;<br>
Number of atoms ? 17351<br>
Time between timeframes ? 1<br>
Box X Y Z ?&nbsp; 6.40310&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.96850&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.57077<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<br>
&nbsp;<br>
Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 790 time&nbsp; 791.000&nbsp;&nbsp; error reading statusfile: x[800][0]<br>
&nbsp;<br>
Back Off! I just backed up gyrate.xvg to ./#gyrate.xvg.6#<br>
Segmentation fault<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
Sincerely<br>
Lydia<br>
<br><br>