I don't want to rerun because there are too many to
rerun.  But I still want to use gromacs analysis tool  which
is very powerful. <br>
Lydia<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/18/06, <b class="gmail_sendername">Lydia</b> &lt;<a href="mailto:aether2006@gmail.com">aether2006@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
&nbsp;&nbsp; Amber mdcrd trajectory has the same format of .g87 (title, x(i) and box). <br>
&nbsp;&nbsp; I tried g_hbond -e 750 but it gave me the same. I notice
that in the manual, you have .g96 instead .g87 mostly. Is it because
.g87 can not be read and analyzed any more?&nbsp; Thank you for your
help and information. <br>
<br>
 sincerely<br><span class="sg">
Lydia</span><div><span class="e" id="q_1097e5cbc5f34d41_2"><br><div><span class="gmail_quote">On 2/18/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Lydia wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If I calculate hbond it won't&nbsp;&nbsp;give error information but&nbsp;&nbsp;the<br><br>try g_hbond -e 750<br>to see whether the beginning of the traj is OK.<br><br>If the format is not as expected I don't know how to fix it. Maybe you
<br>can mould our trajecotry into another format using some kind of script.<br>Otherwise just try and rerun the simulation...<br><br>&gt; hbnum.xvg will be<br>&gt; -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
<br>&gt; cat hbnum.xvg<br>&gt;<br>&gt; # This file was created Sat Feb 18 08:44:34 2006<br>&gt; # by the following command:<br>&gt; # g_hbond -f nmwt.g87 -s nmwt.tpr -n index.ndx -num -hbm -a 120<br>&gt; #<br>&gt; # g_hbond is part of G R O M A C S:
<br>&gt; #<br>&gt; # GRowing Old MAkes el Chrono Sweat<br>&gt; #<br>&gt; @&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;title &quot;Hydrogen Bonds&quot;<br>&gt; @&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;xaxis&nbsp;&nbsp;label &quot;Time&quot;<br>&gt; @&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;yaxis&nbsp;&nbsp;label &quot;Number&quot;<br>&gt; @TYPE xy<br>&gt; @ view 
0.15, 0.15, 0.75, 0.85<br>&gt; @ legend on<br>&gt; @ legend box on<br>&gt; @ legend loctype view<br>&gt; @ legend 0.78, 0.8<br>&gt; @ legend length 2<br>&gt; @ s0 legend &quot;Hydrogen bonds&quot;<br>&gt; @ s1 legend &quot;Pairs within 
0.35 nm&quot;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;801&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4<br>&gt; ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I'm expecting 800 rows of numbers which are the number of hbonds<br>&gt; as&nbsp;&nbsp;a function of time (800ps).&nbsp;&nbsp;But it&nbsp;&nbsp;has only one row to give out
<br>&gt; the average number of hbonds per timeframe 11.000 out of 330 possible.<br>&gt;<br>&gt; Best wishes<br>&gt; Lydia<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>

&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org
</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>
--<br>David.<br>________________________________________________________________________
<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://xray.bmc.uu.se/%7Espoel" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>

</span></div></blockquote></div><br>