<div>This paper gives lot of information dealing with SPC and other water models. Hope it helps you.</div>
<div>David van der Spoel, Paul J. van Maaren and Herman J.C. Berendsen<br>A systematic study of water models for molecular simulation: Derivation of water models optimized for use with a reaction field.<br>J Chem Phys 108 pp. 10220-10230 (1998)
<br><br><br>&nbsp;</div>
<div><span class="gmail_quote">On 2/20/06, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Naser, Md Abu wrote:<br>&gt; Thanks david for reply. I have been trying to fix density of a water<br>&gt; box at 300k temp. At first I scaled&nbsp;&nbsp;the density of 
spc216.gro using<br>&gt; editconf and then I have created spc water box using genbox and scaled<br>&gt; the water box using editconf -density 1000.&nbsp;&nbsp;Finally I allowed<br>&gt; some vacuum in z direction using editconf again and run for a short
<br>&gt; time( 2ns) under no pressure and checked using g_density which giving<br>&gt; me less density than what I start off. Is it because of vaccum?<br>Of course. Same number of waters, larger volume. Run with NPT to test
<br>the density. Compare to literature.<br>&gt;<br>&gt; regards,<br>&gt; Abu Naser<br>&gt; School Of Life Sciences<br>&gt; Heriot-Watt University<br>&gt; Edinburgh EH14 4AS<br>&gt; Email: <a href="mailto:mn2@hw.ac.uk">mn2@hw.ac.uk
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:mn2@hw.ac.uk">mn2@hw.ac.uk</a>&gt;<br>&gt; Phone: +44(0)1314518265<br>&gt; Fax : +44(0) 131 451 3009<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt; *From:* <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> on behalf of David van der Spoel<br>&gt; *Sent:* Mon 20/02/2006 2:02 PM<br>&gt; *To:* Discussion list for GROMACS users<br>
&gt; *Subject:* Re: [gmx-users] Water density<br>&gt;<br>&gt; Naser, Md Abu wrote:<br>&gt; &gt; Hi All,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; When I run a water box after fixing its density(1kg/L) using editconf,<br>&gt; &gt; the density of the box always is going down to 955gm/L. I have been
<br>&gt; &gt; wondering why this is happening. Can anyone give some clue?<br>&gt; &gt;<br>&gt; details please.<br>&gt;<br>&gt; &gt; Abu Naser<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; School Of Life Sciences<br>&gt; &gt; Heriot-Watt University
<br>&gt; &gt; Edinburgh EH14 4AS<br>&gt; &gt; Email: <a href="mailto:mn2@hw.ac.uk">mn2@hw.ac.uk</a><br>&gt; &gt; Phone: +44(0)1314518265<br>&gt; &gt; Fax : +44(0) 131 451 3009<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;
<br>&gt; &gt; Abu Naser<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; School Of Life Sciences<br>&gt; &gt; Heriot-Watt University<br>&gt; &gt; Edinburgh EH14 4AS<br>&gt; &gt; Email: <a href="mailto:mn2@hw.ac.uk">mn2@hw.ac.uk</a><br>&gt; &gt; Phone: +44(0)1314518265
<br>&gt; &gt; Fax : +44(0) 131 451 3009<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________
<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt; Can't post? Read 
<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; David.<br>&gt; ________________________________________________________________________
<br>&gt; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>&gt; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br>&gt; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>&gt; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------
<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________
<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755
<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>