Hi David,<br>Is the paper[(David van der Spoel and Paul J. van Maaren: /The origin of layer<br>structure artifacts in simulation of liquid water/ J. Chem. Theor. Comp.<br>*2* pp. 1-11 (*2006*)) ]already published and available online?
<br><br>I tried to find it, but I could not get it.<br>If possible, can you forward that to the Discussion List?<br>Thanks a lot,<br>-Viswanadham<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/20/06, <b class="gmail_sendername">
David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Naser, Md Abu wrote:<br>&gt;<br>&gt; Hi Viswanadham Sridhara and Michael Patra,<br>&gt;<br>&gt; Thank you very much for your reply. I have solved the problem. It was<br>&gt; just spc water model which dose not give good estimate of density at
<br>&gt; room temperature. I am now using spce which is giving correct density<br>&gt; even in vacuum.<br>&gt;<br>&gt; Thanking you all,<br>&gt;<br>It's not as easy as that. Much depends on simulation conditions, for<br>instance the DispCorr = EnerPres also yields a density increase of 12-15
<br>g/l. A larger cut-off gives higher density, reaction field lower<br>density. Please do also check:<br><br>David van der Spoel and Paul J. van Maaren: /The origin of layer<br>structure artifacts in simulation of liquid water/ J. Chem. Theor. Comp.
<br>*2* pp. 1-11 (*2006*)<br><br>Not just to plug my own work, but because this stuff is not<br>straight-forward and you may get counter-intuitive results if you play<br>with the parameters without carefully checking the result. It is alway
<br>good practice to try to reproduce results from the literature!<br><br>--<br>David.<br>________________________________________________________________________<br>David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se
</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br><br><br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>