<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.6944.0">
<TITLE>RE: [gmx-users] Water density</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Hi David,<BR>
<BR>
Thank you very much for yor pointing out possible sources of artifacts and advise. I will look at the paper.<BR>
<BR>
With regards,<BR>
<BR>
Abu Naser<BR>
<BR>
School Of Life Sciences<BR>
Heriot-Watt University<BR>
Edinburgh EH14 4AS<BR>
Email: mn2@hw.ac.uk<BR>
Phone: +44(0)1314518265<BR>
Fax : +44(0) 131 451 3009<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of David van der Spoel<BR>
Sent: Mon 20/02/2006 7:03 PM<BR>
To: Discussion list for GROMACS users<BR>
Subject: Re: [gmx-users] Water density<BR>
<BR>
Naser, Md Abu wrote:<BR>
&gt;<BR>
&gt; Hi Viswanadham Sridhara and Michael Patra,<BR>
&gt;<BR>
&gt; Thank you very much for your reply. I have solved the problem. It was<BR>
&gt; just spc water model which dose not give good estimate of density at<BR>
&gt; room temperature. I am now using spce which is giving correct density<BR>
&gt; even in vacuum.<BR>
&gt;<BR>
&gt; Thanking you all,<BR>
&gt;<BR>
It's not as easy as that. Much depends on simulation conditions, for<BR>
instance the DispCorr = EnerPres also yields a density increase of 12-15<BR>
g/l. A larger cut-off gives higher density, reaction field lower<BR>
density. Please do also check:<BR>
<BR>
David van der Spoel and Paul J. van Maaren: /The origin of layer<BR>
structure artifacts in simulation of liquid water/ J. Chem. Theor. Comp.<BR>
*2* pp. 1-11 (*2006*)<BR>
<BR>
Not just to plug my own work, but because this stuff is not<BR>
straight-forward and you may get counter-intuitive results if you play<BR>
with the parameters without carefully checking the result. It is alway<BR>
good practice to try to reproduce results from the literature!<BR>
<BR>
--<BR>
David.<BR>
________________________________________________________________________<BR>
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,<BR>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<BR>
Husargatan 3, Box 596,&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75124 Uppsala, Sweden<BR>
phone:&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fax: 46 18 511 755<BR>
spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; spoel@gromacs.org&nbsp;&nbsp; <A HREF="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</A><BR>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<BR>
<BR>
<BR>
_______________________________________________<BR>
gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
<A HREF="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
Can't post? Read <A HREF="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR>
<BR>
<BR>
</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>