I need topology for this molecule -  SH-CH=O <br> I made a pdb file through pymol, opened PRODRG site (http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/prodrg.html), generated an itp file over there:<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This file was generated by PRODRG version 051202.0518<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PRODRG written/copyrighted by Daan van Aalten<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Questions/comments to dava@davapc1.bioch.dundee.ac.uk<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; When using this software in a publication, cite:<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A. W. Schuettelkopf and D. M. F. van Aalten (2004).<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; PRODRG - a tool for high-throughput crystallography<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of protein-ligand
 complexes.<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Acta Crystallogr. D60, 1355--1363.<br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> <br> [ moleculetype ]<br> ; Name nrexcl<br> C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br> <br> [ atoms ]<br> ;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.367&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.252&nbsp; 12.0110&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;
 C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.096&nbsp; 32.0600&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.019&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp; <br> <br> [ bonds ]<br> ; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br> &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.123&nbsp;&nbsp;&nbsp; 502080.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.123&nbsp;&nbsp;&nbsp; 502080.0 ;&nbsp;&nbsp; O02&nbsp; C01&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.175&nbsp;&nbsp;&nbsp; 261918.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.175&nbsp;&nbsp;&nbsp; 261918.4 ;&nbsp;&nbsp; C01&nbsp; S01&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.133&nbsp;&nbsp;&nbsp; 313800.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.133&nbsp;&nbsp;&nbsp; 313800.0 ;&nbsp;&nbsp; S01&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; <br> <br> [ pairs
 ]<br> ; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br> &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp; O02&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; <br> <br> [ angles ]<br> ; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br> &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 120.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 120.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 418.4 ;&nbsp;&nbsp; O02&nbsp; C01&nbsp; S01&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 397.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 96.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 397.5 ;&nbsp;&nbsp; C01&nbsp; S01&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; <br> <br> [
 dihedrals ]<br> ; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, m, ...<br> &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.9 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.9 3 ; dih&nbsp;&nbsp; O02&nbsp; C01&nbsp; S01&nbsp; HAA&nbsp;&nbsp; <br> <br> <br> put this file in ~/share/top&nbsp; directory, run pdb2gmx to convert this file to topology:<br> <br> HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C01 C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; -0.020&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br> HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; S01 C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.475&nbsp; -0.886&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S<br> HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; O02 C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 1.188&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br> HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; H01 C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.860&nbsp; -1.113&nbsp; -1.263&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br> HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; H03 C=O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.960&nbsp; -0.584&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
 CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br> CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br> END<br> <br> and I have got this output:<br> <br> Select the Force Field:<br> &nbsp;0: GROMOS96 43a1 Forcefield (official distribution)<br> &nbsp;1: GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield (official distribution)<br> &nbsp;2: GROMOS96 43a2 Forcefield (development) (improved alkane dihedrals)<br> &nbsp;3: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br> &nbsp;4: Gromacs Forcefield (see manual)<br> &nbsp;5: gmx Forcefield with hydrogens for NMR stuff (Do NOT use for new runs)<br> 0<br> Looking whether force field file ffG43a1.rtp exists<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffG43a1.rtp<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/aminoacids.dat<br> Reading drgnoh.pdb...<br> Read 3 atoms<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/xlateat.dat<br> 23 out of 23 lines of xlateat.dat converted succesfully<br> Analyzing pdb file<br> There are 1 chains
 and 0 blocks of water and 1 residues with 3 atoms<br> <br> &nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<br> &nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; <br> <br> All occupancies are one<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffG43a1.atp<br> Atomtype 50<br> Reading residue database... (ffG43a1)<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffG43a1.rtp<br> Residue 96<br> Sorting it all out...<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffG43a1.hdb<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffG43a1-n.tdb<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/ffG43a1-c.tdb<br> <br> Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.14#<br> Processing chain 1 (3 atoms, 1 residues)<br> Opening library file /usr/local/gromacs/share/top/specbond.dat<br> 5 out of 5 lines of specbond.dat converted succesfully<br> There are 0 donors and 0 acceptors<br> There are 0 hydrogen bonds<br> Fatal error: Residue 'C=O' not found in residue
 topology database<br> <br> <br> what is wrong? how can I generate a topology for this molecule?<br> <br> <br> <p>__________________________________________________<br>Do You Yahoo!?<br>Tired of spam?  Yahoo! Mail has the best spam protection around <br>http://mail.yahoo.com