IF it is for pure water (bulk), then mass of the water should be m=(18e-3)/Ava, where Ava is the Avogadro number.<br>KbT/m works out to be 1.3857e+005;<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/22/06, <b class="gmail_sendername">
Alexandre Suman de Araujo</b> &lt;<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Yes, I tried and I had bad values too.<br>I think the Kubo equation is to use in the non-normalized VAC, since the<br>D = kT/M*integral is for normalized ones.<br><br>Alexandre Suman de Araujo<br><a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">
asaraujo@if.sc.usp.br</a><br>UIN: 6194055<br>IFSC - USP - São Carlos - Brasil<br><br><br><br>Viswanadham Sridhara wrote:<br><br>&gt; Did you try 1/3*your integral<br>&gt;<br>&gt; On 2/22/06, *Alexandre Suman de Araujo* &lt;
<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi Gmxers.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I´m trying to calculate coefficient diffusion values for ions in
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; water.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I made some calculations using MSD and the results were in good<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; agreement with experimental values.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The problem is when I try to calculate it from integration of VAC
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; function for the ions, like in Rasaiah paper (J. Chem Phys. 101(8)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6964).<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I made 40 simulations of 250 ps with 1 fs time step and output of<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; velocities every 1 fs. >From these simulations I calculated the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; normalized VAC function from these 40 simulations and calculated the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mean. This methodology is implemented to have a good statistic and a<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; more smooth VAC function (without fluctuations that could make the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; integral diverge). With this VAC function I use this equation to<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calculate do diffusion coefficient:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; D = kT/M*Y, where Y is the integral of the VAC function<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The problem is that the value calculated from VAC does not agree with
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; one calculated from MSD.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Does anyone knows any trick to perform this kind of calculation?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; paper cited above these two values are very near and I´m using the<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; same<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; methodology.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank´s!<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Alexandre Suman de Araujo<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a> &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">
asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; UIN: 6194055<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IFSC - USP - São Carlos - Brasil<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:
<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Viswanadham Sridhara,<br>&gt; Graduate Research Assistant,
<br>&gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>&gt;<br>&gt;------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;_______________________________________________<br>&gt;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br>&gt;<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,
<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>