Hi Yegor, Mark et al.<br><br>Fiddling with the .rtp database is contraindicated in case you have a distinct ligand, which is not connected to the molecule. In the case of Yegor, there is need for a connection piece, for which there certainly is a benefit of having it defined as a building block in the .rtp (especially if it is not a one-time case). However, that poses other difficulties again. The format of the .rtp is not that difficult, but there are issues with regards to the hydrogens, termini and connectivity. Especially the latter will pose a bit of a problem, I expect, since the -S-CO- bond would not be simply part in the aa sequence, but has to cross-link two chains together. It is then also necessary to add two entries in the 
specbond.dat. <br><br>If it is only a one time case, it is possibly better to take a different approach:<br><br>Construct the topologies for the two chains to be connected (A and B). Merge the topologies using the script posted a few days ago. Take off the hydrogens on the atoms to be used for linking (or change the united force field atom type) and remove the bonds and angles involved. Draw the region involving the connection, taking the whole residues on either side of the -S-CO-. Mark the atoms, bonds, angles and dihedrals (don't forget the impropers) to be added. Find some parameters for these, which are reasonable for the X-S-CO-Y connections. Add the atoms, bonds, angles, dihedrals, improper dihedrals to the appropriate lists. And do add the needed entries to the [ pairs ] list. 
<br><br>With regards to pdb2gmx.., that's not a particularly friendly program, especially not from the inside :) But it is documented that you can use $GMXLIB to point to the databases. Alternatively, you can also put the modified database files in the working directory, in which case these will have precedence over the ones in /$GMXDIR/share/top/
<br><br>Hope it helps,<br><br>Tsjerk<br><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4
<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>