Can you give me some more details?<br>

Are the ions just in bulk water?<br>

Or are the ions going from bulk water through some protein and coming to bulk water?<br>

If you can explain me the situation, then people here can help you better.<br>

I recently did some work in these lines too.<br>

<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/23/06, <b class="gmail_sendername">Alexandre Suman de Araujo</b> &lt;<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

My calculations is for ions in water and I´m using the mass of the ions.<br>My units are correct, a think this is not my problem.<br>Thank´s<br><br>Alexandre Suman de Araujo<br><a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br

</a> UIN: 6194055 IFSC - USP - São Carlos - Brasil Viswanadham Sridhara wrote: &gt; IF it is for pure water (bulk), then mass of the water should be &gt; m=(18e-3)/Ava, where Ava is the Avogadro number.

<br>&gt; KbT/m works out to be 1.3857e+005;<br>&gt;<br>&gt; On 2/22/06, * Alexandre Suman de Araujo* &lt;<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">

asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;&gt; wrote: &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Yes, I tried and I had bad values too. &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I think the Kubo equation is to use in the non-normalized VAC, &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; since the &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; D = kT/M*integral is for normalized ones.

<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Alexandre Suman de Araujo<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a> &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; UIN: 6194055

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IFSC - USP - São Carlos - Brasil<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Viswanadham Sridhara wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Did you try 1/3*your integral<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; On 2/22/06, *Alexandre Suman de Araujo* &lt; 

<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">

asaraujo@if.sc.usp.br</a> &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Hi Gmxers.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I´m trying to calculate coefficient diffusion values for

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ions in<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; water.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I made some calculations using MSD and the results were in good<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; agreement with experimental values.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;

&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The problem is when I try to calculate it from integration &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of VAC &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; function for the ions, like in Rasaiah paper (J. Chem Phys. &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 101(8) &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6964).

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I made 40 simulations of 250 ps with 1 fs time step and<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; output of<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; velocities every 1 fs. &gt;From these simulations I calculated the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; normalized VAC function from these 40 simulations and

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calculated the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mean. This methodology is implemented to have a good<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; statistic and a<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; more smooth VAC function (without fluctuations that could<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; make the

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; integral diverge). With this VAC function I use this equation to<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; calculate do diffusion coefficient:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; D = kT/M*Y, where Y is the integral of the VAC function

&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The problem is that the value calculated from VAC does not &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; agree with &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; one calculated from MSD. &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Does anyone knows any trick to perform this kind of calculation?

&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; In the &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; paper cited above these two values are very near and I´m &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; using the &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; same &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; methodology. &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank´s!

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Alexandre Suman de Araujo<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a> &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">

asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto: <a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a> &lt;mailto:<a href="mailto:asaraujo@if.sc.usp.br">asaraujo@if.sc.usp.br</a>&gt;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; UIN: 6194055

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; IFSC - USP - São Carlos - Brasil<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">

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</a>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; -- &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Viswanadham Sridhara, &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Graduate Research Assistant, &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;------------------------------------------------------------------------<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;_______________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &gt;gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

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http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org

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</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; Viswanadham Sridhara,<br>&gt; Graduate Research Assistant,<br>&gt; Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>&gt;<br>&gt;------------------------------------------------------------------------

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http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org

</a>.<br>&gt;Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

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</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Viswanadham Sridhara,<br>Graduate Research Assistant,<br>Old Dominion University, &quot;VIRGINIA&quot;.<br>