First thank you for your help and information.  Can I
clarify this question: Are the water mediated  hbonds  still
counted as one per hbonded water in the number of hbond as a function
of time?  For example  suppose I want to see number of hbonds
from protein sidechains to sidechains and choose water for -ins, are
the water mediated hbonds still counted in the number of hbonds as a
function of time though their atome index are not listed in the file
insert.dat or hbond.ndx?   I see these lines around line 1988 are
not commented out:<br>
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&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
if (ins_d &amp;&amp; ins_a &amp;&amp; ihb) {<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
/* add to hbond index if not already there */<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
add_hbond(hb,ins_d_k,ins_a_k,h,grI,ogrp,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
nframes,TRUE,bMerge,ihb);<br>
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is it possible they are still counted in the number
of hbonds as function of time&nbsp; graph (hbnum.xvg)?&nbsp; Or they
are not counted in currently untill the bug is cleared.&nbsp; Thank you
for your help and sorry for taking your time. <br>
<br>
Sincerely<br>
Lydia<br>