Hi Om Prakash,<br><br>
The warnings below are serious indicators of trouble and should never
be ignored. It says that you're using the wrong .top file and .gro file
together. Apparently, in one you have the cl- ions and in the other you
haven't. As a consequence of the resulting shift the whole connectivity
of your system is completely messed up, which gives a neat effect: a
complete blow-up in the first step. <br>
<br>
Make sure you're .top file and .gro file match. Maybe you put the cl-
in the .top before the sol, whereas they're at the end in the .gro file?<br>
<br>
Btw, you may want to use a bit lower -posrefc (I always use 200) for
the position restraint run, to allow your solute to move a bit during
the relaxation. It will move back to the reference position but will
allow better relaxation of the surroundings/hydrogens. And also note
that pdb2gmx doesn't read CONECT statements. It infers sulfur bridges
from the interatomic distances between Cys-SG atoms :)<br>
<br>
Hope it helps,<br>
<br>
Tsjerk<br>
<br><div><span class="gmail_quote"></span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>There was 1 warning during grompp run though.
<br>--------------------------------------------------------<br>Warning: atom names in<br>/vol1/people/student1/om/lyso/1OMB_np_gromacs_4/test/pdb.<br>top and /vol1/people/student1/om/lyso/1OMB_np_gromacs_4/test/pdb_b4pr.gro
<br>don't match (CL - HW2)<br>.........<br>WARNING 1 [file<br>&quot;/vol1/people/student1/om/lyso/1OMB_np_gromacs_4/test/pdb.top&quot;,<br>line 2147]:<br>&nbsp;&nbsp;4933 non-matching atom names<br>&nbsp;&nbsp;atom names from<br>&nbsp;&nbsp;/vol1/people/student1/om/lyso/1OMB_np_gromacs_4/test/pdb.top will be used
<br>&nbsp;&nbsp;atom names from<br>&nbsp;&nbsp;/vol1/people/student1/om/lyso/1OMB_np_gromacs_4/test/pdb_b4pr.gro will be<br>&nbsp;&nbsp;ignored<br></blockquote></div><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)
<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands<br>+31 50 363 4336<br>