(1) I downloaded equilibrated methanol box (pdb) with opls from the
gromacs website (I need an all-atom model for MeOH).  When I
pdb2gmx, I get the following error message:<br>
<br>
Fatal error:<br>
Atom HB in residue MET 1 not found in rtp entry with 17 atoms<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms. Maybe different protonation state.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Remove this hydrogen or choose a different protonation state.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<br>
<br>
Whate would be the source of problem?<br>
<br>
(2) What I really want is an all-atom butanol/water or methanol/water
(1:3 in mole fraction) mixture with about 400 molecules total. How do
people usually generate initial coordinate file for such a system? I
just started to run MD simulation, so any know-hows would be greatly
appreciated.<br>
<br>
(3) Does opls/tip4p sound like a reasonable combination for the
simulation of the methanol/water system? If not, could you please
recommend one?<br>
<br>
Thanks very much!<br>