<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT face=Arial 
size=2>Hello all.</FONT></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><SPAN lang=EN-US><FONT face=Arial 
size=2>I wonder is there a way for turning off the distance restraints during 
the md simulation.<BR>I&#8217;m currently investigation different binding modes of a 
small <BR>ligand inside the active site of the receptor protein.&nbsp; <BR>I use 
restraints to force a proper orientation of ligand<BR>inside the active site 
during the first stages of the simulation. <BR>Then I would like to slowly turn 
off the restraints between protein and small<BR>molecule (without a rapid change 
in distance restraints force) to <BR>investigate the complex stability.&nbsp; 
<BR>Maybe someone knows how to implement <BR>it in Gromacs code?&nbsp; Please 
give me some advice. <BR>&nbsp;Thank you for help.<BR>Best 
wishes.<BR>Michal<BR></FONT></SPAN></P></DIV></BODY></HTML>