
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">

<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear All</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I&#8217;m using distance restraints to force proper 

orientation of the&nbsp; ligand in the active site of&nbsp; the receptor protein 

(I&#8217;m investigating different binding modes).<BR>I encountered a strange problem 

when defining distance restraints.<BR>I have protein and ligand topology 

combined in one itp file.<BR>At the end of this topology file (itp) I defined 

atoms pairs for distance restraints:<BR>&#8230;.<BR>[ distance_restraints ]<BR>; 

ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

index&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; low&nbsp;&nbsp; 

up1&nbsp;&nbsp;&nbsp; up2&nbsp;&nbsp;&nbsp; fac<BR>&nbsp; 1384&nbsp; 

4036&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 0.15&nbsp;&nbsp; 

0.25&nbsp;&nbsp; 2.0<BR>&nbsp; 2957&nbsp; 4046&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 0.15&nbsp;&nbsp; 

0.25&nbsp;&nbsp; 2.0<BR>&nbsp; 2957&nbsp; 4057&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 0.15&nbsp;&nbsp; 

0.25&nbsp;&nbsp; 2.0</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>When looking at trajectory file I noticed that 

restraints are present but not between defined atoms but probably between 

pairs:</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>1383 4035<BR>2956 4045<BR>2956 4056</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I checked the tpr file: gmxdump_mpi3&nbsp; -s 

posre100.tpr and I found that position restraints are not between defined pairs 

but rather between&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

(atom-1,atom-1).<BR>&#8230;<BR>Dis. 

Rest.:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nr: 

9<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

multinr[division over processors]: 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 

&#8230;<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

iatoms:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0 type=1244 (DISRES) 1383 

4035<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1 type=1245 (DISRES) 2956 

4045<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2 type=1245 (DISRES) 2956 4056<BR>&#8230;</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Numbering of atoms in my topology file is correct 

so I guess it&#8217;s not the case.&nbsp; What might be the problem.&nbsp; Am I doing 

something wrong.&nbsp; I&#8217;m using gromacs3.3.&nbsp;Please give me comment on this 

and thank you for help.<BR></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Best 

regards<BR>Michal<BR></DIV></FONT></BODY></HTML>