Hi Miguel,<br><br><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">and then tried to make the index file again from the latter file. It<br>
didn't work either. But I thought the problem might be in the 'pdb'<br>structure file produced by mdrun.<br><br>Could this happen?</blockquote><div><br>No.<br><br>Is it possible that the three groups you give don't cover all the atoms in your system? Besides, don't couple a handful of sodium atoms to a private heat bath. Check the mailing lists... This has passed so many times. In your case, go for two groups: Protein and Non-Protein, for which you don't need an index file in the first place.
<br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Cheers,<br><br><br>Miguel</blockquote><div><br>Cheers,<br><br>Tsjerk <br></div>
</div><br clear="all"><br>-- <br><br>Tsjerk A. Wassenaar, M.Sc.<br>Groningen Biomolecular Sciences and Biotechnology Institute (GBB)<br>Dept. of Biophysical Chemistry<br>University of Groningen<br>Nijenborgh 4<br>9747AG Groningen, The Netherlands
<br>+31 50 363 4336<br>