Hi GROMACS users,<br>sorry please disregard the earlier message realised it was too long.<br>i am new to GROMACS. i have been trying to run the Villin Benchmarks using the conf.gro, grompp.mdp and topol.top file provided with the benchmark folder. i giving the grompp command as follows
<br><br><span style="font-style: italic; font-weight: bold;">grompp -f grompp.mdp -c conf.pdb -p topol.top -o em.tpr</span><br style="font-style: italic; font-weight: bold;"><br>and after that i get this message,<br><br><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">
Fatal error:</span><br style="font-weight: bold; font-style: italic;"><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">number of coordinates in coordinate file (conf.pdb , 9389)</span><br style="font-weight: bold; font-style: italic;">
<span style="font-weight: bold; font-style: italic;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (topol.top, 0)</span><br style="font-weight: bold; font-style: italic;"><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">-------------------------------------------------------
</span><br style="font-weight: bold; font-style: italic;"><br style="font-weight: bold; font-style: italic;"><span style="font-weight: bold; font-style: italic;">&quot;The Candlelight Was Just Right&quot; (Beastie Boys)</span>
<br><br>After going through the GROMACS mailing list I realised this is a classical mistake which everyone makes. that's fine, but even after making the changes as pointed out by many users that check the number of atoms in 
topol.top and conf.gro file i am still getting the same error.<br>i am providing in the email conf.gro and the topol.top file. can anyone of you plz suggest as to what is wrong. where i have to make the changes<br>inorder for me to run the 
simulation.thanks.<br>the file are provided below.<br><br>Arindam Ganguly<br><br>conf.gro<br>VILLIN in water<br>&nbsp;9389<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MET&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2.185&nbsp;&nbsp; 2.903&nbsp;&nbsp; 2.012 -0.4460 -0.1439&nbsp; 0.3043<br><span style="font-weight: bold;">
last line of the conf.gro file</span><br>3036SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW2 9389&nbsp;&nbsp; 4.069&nbsp;&nbsp; 1.007&nbsp;&nbsp; 3.359&nbsp; 0.8423 -0.6670 -0.9379<br>&nbsp;&nbsp; 5.02729&nbsp;&nbsp; 4.73973&nbsp;&nbsp; 4.10445&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; 1.67574&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; -1.67574&nbsp;&nbsp; 2.36986<br><br><span style="font-weight: bold;">
topol.top file</span><br>[ system ]<br>; Name<br>VILLIN in water<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 390<br>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8999<br><br><br><br>