<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
<pre>Gaurav Chopra wrote:
&gt;<i> Hi
</i>&gt;<i> 
</i>&gt;<i> I am doing a steepest descent for the initial mdrun for a peptide and it 
</i>&gt;<i> gives me the following error. Please advice.
</i>&gt;<i> 
</i>&gt;<i> Thanks
</i>&gt;<i> Gaurav
</i>&gt;<i> -------------------------------------------------------
</i>&gt;<i> Program mdrun, VERSION 3.3
</i>&gt;<i> Source code file: nsgrid.c, line: 226
</i>&gt;<i> 
</i>&gt;<i> Range checking error:
</i>&gt;<i> Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
</i>&gt;<i> based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
</i>&gt;<i> errors that give particles very high velocities you might end up with some
</i>&gt;<i> coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
</i>&gt;<i> put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
</i>&gt;<i> Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
</i>&gt;<i> energy seems reasonable before trying again.
</i>Please follow the advice in the above two sentences. Check your structure.

<big><font color="#000099">I did the energy minimization by increasing the number of steps using steepest descent, nothing happened. Then I tried cg using -DFLEXIBLE
and steep using -DFLEXIBLE in my mdp file and I was able to compute using mdrun but I got the following in my log file

<font color="#000000">Initiating Steepest Descents
Center of mass motion removal mode is Linear
We have the following groups for center of mass motion removal:
  0:  rest, initial mass: 24594
Started Steepest Descents on node 0 Mon Mar 13 17:07:04 2006
Removing pbc first time
Done rmpbc
Steepest Descents:
   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+01
   Number of steps    =        10000
Grid: 10 x 10 x 20 cells
Configuring nonbonded kernels...
Testing AMD 3DNow support... not present.
Testing ia32 SSE support... present.</font>


Then with this when I do position restrained md, using -DPOSRES in mdp file for grompp and md integrator and then mdrun for position restrained
I get the following</font></big>

<font color="#000099"><big><font color="#000000">Step 0, time 0 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
max 1391229833052160.000000 (between atoms 655 and 657) rms 40665803128832.000000
bonds that rotated more than 30 degrees:</font>

also segmentation fault.

Is there a different method to do energy minimization better as suggested in the range check error warning.

Thanks
Gaurav

</big></font>

&gt;<i> 
</i>&gt;<i> Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 2000 ]
</i>&gt;<i> Please report this to the mailing list (<a
 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users at gromacs.org</a>)
</i>&gt;<i> -------------------------------------------------------
</i>&gt;<i> 
</i>&gt;<i> _______________________________________________
</i>&gt;<i> gmx-users mailing list    <a
 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users at gromacs.org</a>
</i>&gt;<i> <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
</i>&gt;<i> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www 
</i>&gt;<i> interface or send it to <a
 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">gmx-users-request at gromacs.org.</a>
</i>&gt;<i> Can't post? Read <a
 href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>
</i>

-- 
David.
________________________________________________________________________
David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,          75124 Uppsala, Sweden
phone:        46 18 471 4205                fax: 46 18 511 755
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">spoel at xray.bmc.uu.se</a>        <a
 href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">spoel at gromacs.org</a>   <a
 href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a>
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++</pre>
</body>
</html>