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<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>Dear Gromacs Users<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>I am trying to use Gromacs for the MD of a small modified peptide (just
4 residues with one ethylated) and I would like to set up one dihedral
restraint in the topology file.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>I have not found anything useful on the paper manual regarding dihedral
restraints and thought that it might not be possible to set them.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>However, analysing the mdout.mdp file I realised that the keyword dihre
(dihedral angle restraints) is actually there and can be turned on.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>If that is true, does anybody know the right lines to insert in the
topology file in order to set properly a dihedral restraints?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>Thanks<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>Best regards<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'>Andrea<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span lang=EN-GB style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Andrea
Stevenazzi</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Medicinal
&amp; Computer Chemistry</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Italfarmaco
Research Centre</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Italfarmaco
SpA</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Via
dei Lavoratori 54</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>20092
Cinisello Balsamo</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Milan</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>E-mail:
<a href="mailto:a.stevenazzi@italfarmaco.com">a.stevenazzi@italfarmaco.com</a></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Verdana><span style='font-size:10.0pt'>Tel:
+39-02-64433097</span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 face=Verdana><span style='font-size:12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

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