<img src='http://webmail.kaist.ac.kr:8989/kor/servlet/webmail.WebMailReConfServ/1216698' border=0><DIV align=left>Dear gmx-usr</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>I would like to make *.top with the myoglobin pdb file which contain CO ligand like&nbsp;this form.</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>HETATM 1268&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CMO&nbsp;&nbsp; 155&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.753&nbsp;&nbsp; 5.930&nbsp; 11.242&nbsp; 0.77 12.30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MLF1367<BR>HETATM 1269&nbsp; O&nbsp;&nbsp; CMO&nbsp;&nbsp; 155&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.946&nbsp;&nbsp; 6.791&nbsp; 11.935&nbsp; 0.77 12.70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MLF1368</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>However, this pdb file regards CO ligand as CMO residue, so I&nbsp; added the information</DIV>
<DIV align=left>for CMO residue&nbsp;to ffG43a1.rtp (I used 0 forcefield.) like this.</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>[CMO]</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;&nbsp; [atoms]</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.383&nbsp; 0</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; -0.383&nbsp; 0</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;&nbsp;&nbsp;[bonds]</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O</DIV>
<DIV align=left>And, I also added CMO residue to aminoacids.dat.</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>But, the result of pdb2gmx said&nbsp;"Atom CA cannot found in residue CMO156 while adding hydrogen.</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>What's the&nbsp;problem?</DIV>
<DIV align=left>Is it right to use rtp file,&nbsp;if not,&nbsp; should I make *.itp file regarding CO ligand as a molecule?</DIV>
<DIV align=left>Please tell me the answer. Thank you.</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>
<DIV align=left>Bye,&nbsp; </DIV>
<DIV align=left>Sena</DIV>
<DIV align=left>&nbsp;</DIV>