How is pbc handled in calculating structure factors (SF) from MD
simulation in general? I wrote a small program to compute SF for a box
of water given the trajectory obtained from Gromacs, but it suffers
from an edge effect (hard-sphere scattering).<br>
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Do people (or does Gromacs) calculate radial distribution function
(RDF) first with pbc considered, and then fourier transform it to get
SF?<br>
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Thanks!<br>
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Yousung<br>