<div>Dear All,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>I use gromacs version 3.3 to perform a simulation on a protein-drug complex. I chose the gromos96 53a6 force field. But how to generate the parameter file of the drug fo gromos96 53a6 force field. The Dundee PRODRG server produce&nbsp;files&nbsp;in format of&nbsp;gromacs/gromos87.
</div>
<div>But the produce files of drugs&nbsp;such as itp file is&nbsp;not full agreement with gromos96 format.&nbsp;For&nbsp;example,&nbsp;&nbsp;in the itp file of the drug,&nbsp; as far as the bonds are&nbsp; concered, in gromacs, the funct is set to 1,while in gromos96 ,it is 2.&nbsp; Should I just change the funct value to 2&nbsp; to keep it in agreement with&nbsp;gromos96 force field? For the atom type, I can edit them. But the bonds parameter is difficult for me to convert them to gromos96 force field.&nbsp;Would anyone give me any suggestion?
</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>best regards<br clear="all"><br>-- <br>&nbsp;&nbsp; Shulin Zhuang<br>Chemistry Department <br>Zhejiang University PRC<br><a href="mailto:shulin.zhuang@gmail.com">shulin.zhuang@gmail.com</a> </div>