<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2802" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi all.<BR>I&#8217;m new to gromacs, and I would be glad 
to get some advice from more experienced usres.<BR>I would like to estimate the 
difference in free energy between two systems. <BR>&nbsp;First system (A) 
consists of&nbsp; DPPC membrane, TM-protein and some Zn ions <BR>interacting 
with the protein.&nbsp; Second (B) has the same elements but Zn ions <BR>are far 
away from the protein (in the solvent).&nbsp; Is it possible to estimate 
<BR>free energy difference between those two systems in gromacs?<BR>I thought 
about using dummy atoms and slow-growth methods for free energy 
calculations.<BR>&nbsp; During the simulation, Zn ions from system (A) would be 
perturbated into dummy atoms<BR>&nbsp;(charge=0, mass = 0) and at the same time 
equal number of dummy atoms in the solvent <BR>would be perturbated to Zn 
atoms?&nbsp; Is it possible to achieve?&nbsp; <BR>For the beginning&nbsp; I 
tried to estimate the difference in free energy between two systems. 
<BR>1)&nbsp;first system consisted of two Cl- and one Zn2+ ions + 
solvent<BR>2)&nbsp;second only solvent molecules <BR>During the 100 ps MD I 
perturbated&nbsp; chare and mass of Cl and Zn <BR>ions to zero.&nbsp; The energy 
values that I&#8217;ve obtained are wrong 960200,46.<BR>&nbsp;I&#8217;m new to gromacs so I 
would appreciate your help a lot.<BR>Here are my input files (I&#8217;m using ffgmx 
)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>--------------md.mdp-------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>pp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
/lib/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
-DFLEX_SPC<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; none<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
0.001&nbsp;&nbsp;<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 100000 
<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
100000<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
100000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
100000<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
100<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 
grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
=&nbsp; 1.0<BR>free_energy = yes<BR>init_lambda = 0<BR>delta_lambda = 
0.00001<BR>sc-alpha = 1.5<BR>sc-sigma = 0.3<BR>....</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>....</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>---------------------------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>--------ZN.itp-----------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>[ moleculetype ]<BR>; 
molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
nrexcl<BR>ZnB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res 
nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; 
charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
typeB chargeB massB<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Zn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Zn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Zn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65.37000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Zn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 0<BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>---------------------------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>-----------Cl.itp-----------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>[ moleculetype ]<BR>; 
molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
nrexcl<BR>ClB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
1</FONT></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>[ atoms ]<BR>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; at type res 
nr&nbsp; residu name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; at name&nbsp; cg nr&nbsp; charge 
typeB chargeB massB<BR>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
-1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.45300&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp; 
0&nbsp;&nbsp; 0<BR></DIV></FONT>
<DIV><FONT face=Arial>----------------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial><BR>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2>THANK YOU FOR HELP</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>All the best.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2>:)</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT size=2></FONT></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>